Het huidige instrument is niet het eerste orgel welke Schnitger heeft gebouwd voor de Akerk. Het eerste orgel, welke werd opgeleverd in 1697, ging in 1710 verloren toen de toren van de kerk instortte. Schnitger had destijds voor de Academie- of Broerenkerk in de stad ook een orgel gebouwd. Dit orgel werd in 1814 geschonken aan de Akerk, en een jaar later door orgelbouwer Timpe overgeplaatst. Hij wijzigde in 1830 de dispositie waarbij het borstwerk verdween en het bovenwerk hiervoor in de plaats kwam. De heldere, barokke klank verdween en maakte plaats voor nieuwe modieuze registers. In 1857 werd het orgel gerestaureerd door Petrus van Oeckelen. Men vond het orgel te klein voor de kerk en daarom werden er registers toegevoegd waarbij de gemeentezang beter tot zijn recht kwam. In de eerste helft van de 20^e eeuw werd het orgel onderhouden door Jan en Klaas Doornbos. Hierbij werd ook meerdere keren de dispositie aangepast.